Endoskopia jest zabiegiem inwazyjnym. Sprzęt jest wprowadzany bezpośrednio do przewodu pokarmowego pacjenta, więc ma kontakt z jego krwią, wydzielinami itp. W tej sytuacji niezmiernie ważne jest przeprowadzanie po każdym zabiegu dokładnej dezynfekcji i sterylizacji sprzętu. Pod tym względem olsztyński Oddział Gastroenterologiczny spełnia bardzo rygorystyczne normy, legitymuje się certyfikatami.
Pracownia Endoskopowa jest wyposażona w nowoczesne myjnie do endoskopów, a wszystkie akcesoria endoskopowe są jednorazowe. Na wyposażeniu znajdują się przyrządy do monitorowania parametrów życiowych, najbardziej obciążające zabiegi wykonywane są z udziałem zespołu anestezjologicznego.
Bezpieczeństwo pacjentów w czasie zabiegów zwiększa dodatkowo to, że Pracownia Endoskopowa dysponuje tzw. bimerem argonowym. Urządzenie to służy przede wszystkim do tamowania krwawienia z owrzodzeń trawiennych. Jednak w sytuacji, gdy w czasie innego zabiegu endoskopowego, np. po usunięciu polipa, pojawi się jakiekolwiek niespodziewane krwawienie, bimer może być natychmiast wykorzystany do usunięcia tych powikłań.

Kolonoskopia polega na dokładnym obejrzeniu „od środka” całego jelita grubego. Instrument to umożliwiający wprowadzany jest do organizmu przez odbyt i poprzez odpowiednie manipulacje oglądane jest całe jelito grube. Badanie wymaga uprzedniego dokładnego oczyszczenia jelita. Nowoczesny sprzęt i doświadczony personel mogą zminimalizować uciążliwość takiego badania. Wszelkie niedogodności rekompensują ogromne korzyści z takiego badania. U co trzeciej osoby teoretycznie zdrowej, która trafia do nas na badania profilaktyczne, wykrywamy i natychmiast usuwamy polipy gruczolakowe, z których w przyszłości mógłby powstać rak. Prawie wszystkie polipy usuwane są w trakcie pierwszego badania, więc w wypadku, gdy je wykryjemy, możemy je usunąć bez konieczności hospitalizacji i przeprowadzania innych zabiegów. Tylko chorzy ze zmianami dużymi i o niekorzystnej lokalizacji wymagający, po usunięciu obserwacji, kierowani są na oddział.