Dział Patomorfologii mieści się w budynku obok Szpitala (za Izbą Lekarską), przy ul. Żołnierskiej 16 B.

Dział zajmujący się rozpoznawaniem, klasyfikacją oraz czynnikami terapeutycznymi i prognostycznymi chorób na podstawie zmian morfologicznych w tkankach i narządach.

Dział Patomorfologii jako jedyny w województwie warmińsko-mazurskim posiada Akredytację Polskiego Towarzystwa Patologów. Potwierdza ona wysoką jakość pracy, pokazuje, że dział spełnia wszelkie techniczne i merytoryczne standardy i wytyczne programu POLQA, czyli programu Zapewnienia Jakości w Patomorfologii.

Dział ściśle współpracuje ze specjalistami z dziedzin klinicznych oraz zabiegowych, ze szczególnym uwzględnieniem specjalności onkologicznych.

Dział Patomorfologii WSS dysponuje nowoczesną aparaturą oraz specjalistycznie przeszkolonym personelem, wykonującym szeroki panel badań histochemicznych i immunohistochemicznych, współpracuje również z jednostkami wykonującymi badania genetyczne i molekularne oraz uczestniczy w licznych badaniach klinicznych i naukowych.