Historia Oddziału Chirurgii Wojewódzkiego Szpitala Specjalistycznego w Olsztynie rozpoczęła się w Oddziale Chirurgii Szpitala Mariackiego w Olsztynie, który od 1945 r. pełnił funkcję zarówno szpitala wojewódzkiego, jak i miejskiego.

1 grudnia 1970 r. lekarze oddziału chirurgicznego i ordynator przeszli do nowego szpitala przy ul. Żołnierskiej. Pierwszą operację przeprowadził dr Stanisław Niepsuj. Dr Mieczysław Szwałkiewicz - ordynator  oddziału do 1989 r. - rozwijał chirurgię naczyniową w kierowanym przez siebie oddziale, kształcił swoich uczniów i współpracowników, kierował ich na szkolenia do klinik chirurgii naczyniowej. Następcą dr Szwałkiewicza i kontynuatorem jego dzieła w trudnym okresie "transformacji ustrojowej" był dr hab. n. med. Antoni Dutkiewicz, który rozwijał chirurgię naczyniową: wprowadził technikę laparoskopową.

W 1998 r. w oddziale zaczęto wykonywać zabieg udrożnienia tętnic szyjnych.

15 grudnia ordynatorem został dr n. med. Piotr Malinowski. Nastąpił wtedy rozwój technik laparoskopowych: zabiegi usunięcia śledziony, nadnercza czy jelita grubego.

Kolejnym ważnym przedsięwzięciem był przeszczep nerek. Pierwsza tego typu operacja w Olsztynie odbyła się 26-27 listopada 2010 r. Pierwsze przeszczepienia koordynowali: prof. dr hab. n. med. Tomasz Stompór z zespołem; w zakresie chirurgii dr n. med. Piotr Malinowski z zespołem; w zakresie anestezjologii i intensywnej terapii dr n. med. Dariusz Onichimowski.

To właśnie na bazie oddziału chirurgii naczyniowej powstał odrębny oddział transplantologii, którym kieruje dr n. med. Leszek Adadyński.

Istotnym dla olsztyńskiej chirurgii procesem był rozwój technik małoinwazyjnych w chirurgii naczyniowej (angioplastyka naczyń obwodowych, stenty, stentgrafy), który dokonuje się nadal we współpracy z zakładem radiologii.