Historia Ginekologii i Położnictwa w Wojewódzkim Szpitalu Specjalistycznym w Olsztynie rozpoczyna się w 1971 r. i jest ściśle związana z dr n. med. Hanrykiem Makowskim (1923-1991). To właśnie on po przeniesieniu ze Szpitala Miejskiego z grupą asystentów i położnych został pierwszym ordynatorem nowo utworzonego oddziału. Dzięki jego wiedzy i umiejętnościom ranga olsztyńskiego ośrodka zaczęła szybko wzrastać. Dr Makowski wprowadził pełen zakres operacyjnych procedur ginekologicznych z całym pakietem ginekologii onkologicznej. W okresie jego ordynatury odnotowano znakomite obniżenie wskaźników umieralności okołoporodowej noworodków. Dzięki jego inicjatywie w oddziale wprowadzono jeden z pierwszych w kraju system rooming-in nad noworodkiem, obowiązkowym obecnie w całej Polsce. To za kadencji dr.  Henryka Makowskiego wykonano pierwszą w regionie laparoskopię, czy badanie kardiotokograficzne.

W 1988 r. po jego odejściu na emeryturę ordynatorem oddziały został dr n. med. Marek Stefanowicz. Głównymi celami zawodowymi i naukowymi doktora Stefanowicza były centralizacja leczenia onkologicznego, Program Poprawy Opieki Perinatalnej w Polsce oraz krwotoki w ginekologii i położnictwie. To właśnie dzięki jego wiedzy, konsekwencji i uporowi wskaźniki umieralności okołoporodowej noworodków osiągnęły poziom europejski (poniżej 4 promili), a w kraju województwo warmińsko-mazurskie  zajmowało pierwsze miejsca w tej kategorii. Dzięki temu ośrodek uzyskał status III, najwyższego stopnia referencyjności w zakresie położnictwa, potwierdzany przez kolejnych ministrów zdrowia i konsultantów krajowych. W czasie  kadencji dr n. med. Marka Stefanowicza w oddziale odbyło się wiele pionierskich w zakresie nie tylko województwa, ale i kraju, zabiegów ginekologicznych i położniczych: pierwsze amniopunkcje i kordocentezy, utworzenie poradni diagnostyki prenatalnej, histeroskopie i laparoskopie operacyjne, jedna z pierwszych w Polsce laparoskopia w ciąży, chemioterapia dootrzewnowa z utworzeniem podwalin dla Pododdziału Chemioterapii.  Szerokim echem w kraju odbiła się operacja laparoskopowej radykalnej histerektomii z powodu raka szyjki macicy w 2007 r. - jedna z pierwszych operacji tego typu w Polsce. Wielkim osiągnięciem dr. Stefanowicza było opracowanie koncepcji (z dr n. med. Elżbietą Stefanowicz) i utworzenie ośrodka embolizacji naczyniowych na bazie Oddziału Ginekologii i Zakładu Radiologii WSS w Olsztynie. Wielki rozgłos szpitalowi przyniosły publikacje dotyczące wykorzystania embolizacji w onkologii ginekologicznej i leczeniu powikłań położniczych - pionierskie zabiegi w skali całego kraju.

W 2015 r. po wygraniu konkursu ordynatorem zostaje dr n. med. Tomasz Waśniewski. Dzięki jego działalności uniwersyteckiej i współpracy z Uniwersytetem Warmińsko-Mazurskim, oddział zostaje przekształcony w oddział kliniczny, kształcący studentów  Collegium Medicum UWM. Dzięki zaangażowaniu i pracy znakomitego zespołu lekarzy i położnych, ośrodek wprowadza kolejne nowatorskie techniki i procedury medyczne. Szerokim echem odbiła się przeprowadzona po raz pierwszy w Polsce operacja krioprezerwacji tkanki jajnikowej u pacjentki przed rozpoczęciem radioterapii z powodu nowotworu złośliwego jelita grubego, z udaną retransplantacją tkanki 3 lata po zakończeniu leczenia onkologicznego - tzw. oncofercility.

Zespół ginekologiczno-położniczy został laureatem konkursu „Żagle Warmii i Mazur 2020” za wykonane po raz pierwszy w Polsce Francuskie Cesarskie Cięcie z dostępu zewnątrzoponowego metodą French AmbUlatory Caesarean Section (FAUCS). Ta medyczna procedura zwyciężyła w kategorii „Najlepsza usługa”. „Żagle Warmii i Mazur” to prestiżowa nagroda przyznawana przez Samorząd Województwa Warmińsko-Mazurskiego. O nagrodę co roku rywalizują najlepsze przedsiębiorstwa z regionu. Głównym celem Konkursu jest wyłonienie topowych firm z Warmii i Mazur oraz ich promocja. W konkursie nagradzane są przedsiębiorstwa i instytucje, które prowadzą działania innowacyjne, odpowiedzialne społecznie i wdrażają politykę zarządzania przez jakość.